En 1981, mediante el Decreto Legislativo N° 150, se creó el Servicio Nacional de Abastecimiento de Agua Potable y Alcantarillado (SENAPA), con alcance a nivel nacional. El 1 de marzo de 1983, las oficinas de agua potable de todo el país fueron transferidas a SENAPA, lo que resultó en la desactivación de la Dirección de Obras Sanitarias del entonces Ministerio de Vivienda y Construcción.
Hasta 1985, la empresa municipal de derecho privado estuvo bajo la administración del Concejo Provincial de Bagua Grande. A partir de 1986 y hasta 1990, la gestión estuvo a cargo del Servicio Nacional de Abastecimiento de Agua Potable y Alcantarillado.
La empresa de saneamiento fue creada mediante la Resolución de Alcaldía N° 1502-A-92-MPCP, en el marco del Decreto Supremo N° 051-92-PCM, que permitió la transferencia gratuita de los bienes de la Unidad Operativa SENAPA. Posteriormente, el 24 de mayo de 1991, el directorio acordó la transferencia de estos bienes a EMAPAU, conforme al Decreto Supremo N° 046-91-PCM.
En este marco, el entonces alcalde de la Municipalidad Provincial de Utcubamba, Sr. Milecio Vallejos Bravo; resolvió constituir a la Empresa Municipal de Agua Potable y Alcantarillado de Utcubamba (EMAPAU) mediante acuerdo de concejo del 15 de julio de 1991, basándose en el Art. 12, 36, Inc. 6, Art. 58 y la segunda disposición transitoria de la Ley N° 23853 (Ley Orgánica de Municipalidades), la Ley 24948 (Ley de la Actividad Empresarial del Estado), y el D.S. N° 027-90-MIPE. Asimismo, se respaldó el acuerdo de la Junta Empresarial de Chachapoyas del 24 de mayo de 1991, con el fin de cumplir con lo dispuesto en el D.S. N° 046-91-PCM.
El 23 de julio de 1991, se aprobaron los estatutos de EMAPAU, mediante una sesión extraordinaria de junta empresarial, formalizándose con la Resolución de Alcaldía N° 042-MPU-BG. Posteriormente la Municipalidad Provincial de Utcubamba constituyó la empresa como Sociedad Comercial de Responsabilidad Limitada (SRL), inscrita en la partida electrónica N° 11000548 del Registro de Personas Jurídicas de la Oficina registral de Bagua, mediante escritura pública del 2 de agosto de 1991. Su inicio de operaciones como SRL se registró el 1 de septiembre de 1991.
Fue reconocida como entidad prestadora de servicios de saneamiento mediante Resolución de Superintendencia N° 058-95-SUNASS de fecha 27 de abril de 1995, y comenzó a regirse por la Ley General de Servicios de Saneamiento N° 26338 y su reglamento aprobado por el D.S. N° 09-95-PRES, además de la Ley General de Sociedades y otras normativas sectoriales.
El 13 de marzo de 1997, en una junta general extraordinaria de accionistas, se acordó transformar EMAPAU en Sociedad de Responsabilidad Limitada (SRL). Posteriormente, en junio de 2000, mediante escritura pública, se adaptó la empresa a la nueva Ley General de Sociedades, cambiando su denominación a Empresa Prestadora de Servicios de Saneamiento Municipal de Utcubamba (EPSSMU S.R.L.).
El 9 de enero de 2017, se aprobó su transformación de SRL a Sociedad Anónima (S.A.), adoptando la nueva denominación: Empresa Prestadora de Servicios de Saneamiento Municipal de Utcubamba Sociedad Anónima (EPSSMU S.A.).
Finalmente, el 19 de septiembre de 2018, se declaró el inicio del Régimen de Apoyo Transitorio (CDT) para EPSSMU S.A., según lo dispuesto en la Resolución Ministerial N° 375-2018-VIVIENDA, con el objetivo de mejorar la gestión administrativa, operacional y comercial de la entidad.